Otomatik kontrol sisteminde ekipmanlar arasında sıra ile çalışma PLC yardımı ile sağlanır. Yarı otomatik kontrol sadece ekipmanların sıra ile çalışmasını sağlarken, tam otomatik kontrol sisteminde silo içindeki seviyeler kontrol edilerek, silonun dolu kısmında sıcaklık artışı olması halinde havalandırma sistemini çalıştıran sürekli seviye kontrolleride olmak üzere, tüm sıcaklıkları, silo seviyelerini, silo içersindeki tahıl miktarlarını, sistemdeki arızaları ve bakım zamanlarını kontrol eden ve kullanıcıyı uyaran, raporlama yapan SCADA destekli tam otomatik kontrol bulunmaktadır.